自然国学与人文国学两大板块，构成中华文化的完整系统。前者是规律之学，体现着科学传统；后者是价值之学，体现着人文传统。自然国学的框架以道、法、术反映观念、原理、技术三个方法论层次，其体系则由天、地、律、算、工、农、兵、医八个主要的知识范畴构成。认知模式是自然国学的灵魂，包含整体论、还原论、系统论三个模式，并且以系统论模式为主流。自然国学发展经历两个高峰，一个在秦汉，一个在宋明，均体现出哲学开路、科学繁盛的规律。清中期以降，自然国学走下坡路，西学东渐将其体系几乎整体掩盖，唯有中医学一家独存于现代科学体系之中。西方还原论科学弊病显现，系统论的自然国学可发挥纠偏之效。中医学应该发挥主导作用，首先实现自身现代化，再拉动其他兄弟学科复兴，最后联合西方新兴的系统科学共同推动科学革命。