区域经济系统与生态系统之间的关系失调问题是制约我国生态脆弱区社会与经济稳健可持续发展的关键因素。其根源在于人类对生态脆弱区与区域经济互动关系认知不足，地方政府亦未能基于生态脆弱区的特质来有效规制产业经济负外部性。本文阐述了生态脆弱区的内涵与特征，及其与产业经济负外部性之间的耦合关系；从生态脆弱区产业经济负外部性治理的理念定位出发，从负外部性治理的产业政策问题及财税政策问题等角度深刻揭示生态脆弱区产业经济负外部性政府治理所面临的现实困境；给出生态脆弱区产业经济负外部性治理的理念定位，并提出生态脆弱区产业经济负外部性治理的产业政策及生态脆弱区产业经济负外部性治理的财税政策等具体措施。