农村低保与扶贫开发有效衔接在顶层设计和实践探索方面取得一定进展。衔接机制缺失导致农村低保与扶贫开发衔接实践中面临识别困境、帮扶困境和管理困境，制约衔接预期成效的实现。作为跨部门协同治理问题，农村低保与扶贫开发有效衔接需从结构性机制和程序性机制两个维度构建跨部门协同机制。结构性机制由协调机制、信任机制和激励机制组成，程序性机制包括精准识别机制、分类帮扶机制、动态管理机制和统一考核机制。农村低保与扶贫开发有效衔接机制的功能发挥依赖于贫困治理理念转变、贫困治理能力提升和贫困治理工具创新。