“日本学术会议”争议是菅内阁上台后发生的首次备受官民关注的政治事件，此次争议作为菅义伟内阁意欲对“日本学术会议”进行行政改革的先导，从根本上反映了其延续安倍修宪路线下改革安保政策、加强武装日本、打击异己的政治企图。本次争议引发广泛讨论，除对菅内阁拒任动机的猜测外，在泾渭分明的两派支持者中，支持“日本学术会议”的一方质疑菅内阁此举的合理合法性，支持菅内阁的一方则批判“日本学术会议”本身问题重重，危害国家未来发展。