方法论不同于一般的研究方法，它不仅属于认识论范畴，更是本体论、认识论与逻辑的有机统一。意欲推进中国特色社会主义政治经济学研究向纵深领域迈进，必须廓清其方法论基础，从而明确其研究的理论目的、价值归依与逻辑进路。马克思主义政治经济学所依据的方法论无疑是真正科学的方法论。它是梳理、总结与批判西方诸政治经济学方法论的理论产物，亦是对现实历史发展的理论自觉。它具有现实性、辩证性与历史性三大理论品质，由此决定了中国特色社会主义政治经济学的研究起点、逻辑进路与学科特性。

对人的本质的把握，既是诸政治哲学建构的根本前提，也是其建构的价值归属。马克思政治哲学肇始于从神到人的历史主体转向，证成于对抽象人所作的理论批判。与近现代西方政治哲学的人性预设相比，马克思政治哲学最大的理论特质在于，对人的本质作现实的、辩证的与历史的把握，并以阶级理论重构人民的概念与话语，意在建构人民的政治哲学。只有深刻把握马克思政治哲学的这一理论特质，才能实现对“形式化”“资本化”“个体化”的当代西方政治哲学彻底而全面的批判，进而才能为构建超越西方政治哲学的当代中国政治哲学澄明前提与扫清地盘，从而为中国特色社会主义政治体制、发展道路、制度模式与文化形态奠定理论基础与指明前进方向。

私有财产与人权、自由的内在关联是近现代文明的核心特征。在资产阶级话语体系中，私有财产权是现代自由正义的根本所在。而面对私有财产主体生成所衍生的现代性问题，近代理论批判一直将其与政治国家建制进行深度纠缠与内在关联：国家是维护私有财产的工具或政治国家决定市民社会。面对两者关系的内在张力，马克思在《1844年经济学哲学手稿》中，以异化劳动理论嵌入对私有财产的前提性批判与根源性探索，超越私有财产与政治国家的抽象对立，直接指认私有财产在现代资产阶级社会中的宗教本性（主体性），从而为现代政治哲学构建开辟新的道路。