不同于一般的公私合作，行政应急中科技公私合作在加上“行政应急”的特定背景和“科技创新”的专业范围后具有了一些特殊性。合作风险大、投资回报率不确定等特点一方面使行政应急科技公私合作模式有存在的需求和意义，另一方面也对行政应急科技公私合作制度的构建和完善提出了更高的要求。当前我国行政应急科技公私合作存在风险分配制度不合理、公私合作科技成果产权归属不明晰、科技产品供给分配制度不健全等问题，容易造成行政应急科技公私合作中私主体权益和社会公共利益保障不足。为克服这些缺陷，政府应当注重行政应急科技公私合作的风险收益治理，健全公私合作风险分配规则和科技风险规章制度，保证科技公私合作风险有效规制；明确公私合作科技成果产权归属，合理规定投资回报率，保障私主体的收益权；完善专利强制许可制度，促进紧急状态下科技产品专利适当放开，限制私主体的牟利性，保障科技公共产品充足供给和公平分配，同时确立政府对行政应急公私合作科技产品的担保责任，切实维护社会公共利益。