随着新型农业经营主体的兴起，如何发挥新型农业经营主体对小农户的带动作用逐渐成为现代化进程中我国农业治理的核心问题。在市场机制下，以利益联结为中心，新型农业经营主体与小农户之间形成了多种不同的合约关系，这也成为小农户参与现代农业发展的主要方式。不过，小农户与新型农业经营主体的合约关系也深嵌于政府治理体系之中。小农户与新型农业经营主体合约风险的化解，不仅需要不断优化其合约结构，还需要在市场机制之外，立足政府的政策引导、制度连接及公共品供给等治理机制探索多重治理路径，以不断强化小农户与新型农业经营主体合约模式的组织合法性，优化其组织模式，降低外部性成本，进而维系双方利益关联机制及合约关系的稳定。小农户与新型农业经营主体的合约关系治理内在地体现了政府与市场的互构逻辑，政府与市场构成为我国农业现代化的两种基本治理机制。