陈来先生对于明清儒学的研究，除《宋明理学》《有无之境》《诠释与重建》三书外，大致可以分为三类：第一类是关于晚明清初思想家思想的专题研究，包括对颜山农、黄道周、方以智、陆世仪、陆陇其等思想家思想的研究。第二类是关于儒学中的神秘主义、蒙学与世俗伦理、王门后学的会讲活动，甚至包括颜山农思想部分内容的研究。第三类则是关于明代心学文献的考辨、辑佚的工作，主要体现在对甘泉、阳明文献的研究中。陈先生所开辟的上述诸多研究领域，已经被学界广泛重视，形成了很多新的研究热点。更为重要的是，其多元化的研究方法和开阔的国际视野，对国际中国哲学研究具有引领和示范作用。