尽管生态社会主义与科学社会主义都批判资本主义，坚持社会主义必然战胜资本主义；但是，由于二者是在不同的社会历史背景下形成和发展的，它们之间必然存在着根本的理论分歧。这种理论分歧主要表现为以下四个方面：指导思想不同，对资本主义基本矛盾的认识不同，对社会主义基本特征的认识不同，对社会变革的领导力量和主体力量的认识不同。