随着时代的发展和社会进步，本体论哲学及其思维方式对西方哲学的发展的推动作用逐渐降低；在哲学进入现代哲学阶段，本体论哲学及其思维方式对于哲学发展的负面作用逐渐凸显出来。现代哲学开始反思本体论哲学研究方式，并在拒斥形而上学的口号下反对哲学的本体论研究。本体论哲学及其思维方式不再作为哲学研究的重点对象，甚至受到现代西方哲学的集体声讨，但这并不妨碍本体论哲学在现代哲学研究中继续在思维方式层面发挥作用。本体论哲学试图寻找超验的本体存在来作为解释世界万物的最终根据，这种做法已经被证实是无法实现的“乌托邦”。本体论哲学及其本体论思维方式仍然对哲学研究具有一定的理论意义，这是由哲学的研究对象和哲学特殊的研究方式决定的。任何理性的逻辑思维都需要为自己确定一定的理论出发点，对于这个理论出发点的确定直接影响到哲学理论的建构。