被誉为中国自由主义第一人的严复与儒家思想发生着复杂的纠葛。在认识论上，他重新衡定了孟子—陆王一系的观点，严厉反对陆王的“师心自用”，但又从实证主义的角度肯定了孟子“万物皆备于我”的观点；他批评后世儒家在认识对象上的文辞化，主张“学于自然”，并结合古今优秀传统，提出了现代的科学方法论。在政治哲学上，他将“恕道”与政治自由相联系，指出二者形似而神异；他深刻地批评了儒家的仁政说，认为是对民众政治主体性的严重戕害；但他混淆了政治权利与道德素养，显示了儒家传统的深刻影响。在道德哲学上，严复重申“忠恕之道”，并且将之上升为国际交往原则以及国家富强的道路之一；他仍然肯定着儒家“修齐治平”的理想；肯定儒学中仁义、忠信、廉耻的道德条目在现代社会中的意义；在义利之辩、理欲之辨、群己之辩等方面，严复显示了与儒家思想之间的连续性和断裂性。这些皆从一个角度彰显了儒学的近代命运。