文艺复兴时期的哲学主要是人文主义哲学，人文主义为宗教宽容提供了有别于中世纪的论证。雷默（G.Remer）认为，人文主义的宗教宽容辩护主要有以下三点：第一，人文主义者强调，作为解决宗教分歧的手段，劝说高于暴力。第二，人文主义者区分了信仰的根本要素和非根本要素（adiaphora）。尽管基督徒必须承认信仰的根本要素，但是可以对非根本要素采取一种怀疑的看法。要求坚持的只是少数根本的学说，人文主义者可以宽容其他学说。他们希望，这一策略可以将被宗教改革分离的基督徒重新统一起来。第三，人文主义者强调伦理高于教条，他们认为伦理是基督教的核心。结果是，他们更关注反对道德的僭越，而不太关注反对学说的冒犯。这种态度使得人文主义者更加不愿意因为异端而谴责他人。Remer，G.，Humanism and the Rhetoric of Toleration，University Park：The Pennsylvania State University Press，1996.