16、17世纪的宗教改革和反宗教改革引发了宗教战争，学者们开始意识到不宽容的巨大破坏力，并通过重新考察宽容的《圣经》根源、用个人权利界定宗教信仰和政治权力之间的界限等方法来限制不宽容的破坏力，此时的主要代表人物有洛克。18世纪，宽容讨论与对怀疑论的批判联系在一起，主要代表人物有伏尔泰和康德。伏尔泰认为，宽容来自于人的脆弱性和可错性。在《什么是启蒙？》中，康德主张一种开明的政治权力形式，允许国民之间相互辩论，只要他们保持对权威的服从。在《论永久和平》中，康德认为，哲学家应该被允许和鼓励公开演讲。公开辩论和讨论导向真理，国王不必害怕真理。在《单纯理性限度内的宗教》一书中，他反对宗教不宽容，指出尽管我们确信我们的道德义务，但是人们并不绝对确信上帝的命令。因此，要求违背道德的宗教信仰（例如烧死异教徒）永远不可能获得证明。可以说，近代西方哲学中的宽容思想是所有分期中最丰富的。